ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ GENEEXPRESSIONANALYSER ДЛЯ МОДЕЛИРОВАНИЯ И АНАЛИЗА ДАННЫХ МИКРОЧИПОВ ДНК

Отрасль промышленности: медицина, биоинформатика.

Краткое описание: GeneExpressionAnalyser разработан для усовершенствования проведения биомедицинских исследований с целью автоматизации процедур обработки данных микрочипов ДНК, сокращения затрат на выполнение исследований и интерпретацию результатов анализа лабораторных данных. C помощью пакета проводится решение конкретных задач, к примеру проведены исследования по изучению:
- изменений экспрессии выраженности генов в клетке меланомы A375 под воздействием IFN-γ с течением времени;
- изменений экспрессии выраженности генов раковой клетке (аденокарцинома легких) курящих и некурящих людей по сравнению со здоровой клеткой.

Новизна разработки:стандартные статистические пакеты обработки данных имеют определенные недостатки, например – не позволяют исследовать данные с наличием пропущенных значений, дубликатов, выбросов; содержат ограниченный круг алгоритмов кластерного анализа экспрессии генов и их аннотаций, позволяют обрабатывать только определенный тип входных данных. Данная разработка не имеет подобных ограничений.

Актуальность: использование программного комплекса GeneExpressionAnalyser позволяет повысить качество лечения путем разработки новых персонифицированных средств лечения, производительность работы, и вместе с тем сократить затраты на проведение лабораторных биомедицинских и клинических исследований.

Преимущество перед аналогами: пакет GENEEXPRESSIONANALYSER выполняет ряд принципиально новых функций и имеет следующие преимущества над существующим программным обеспечением в данном сегменте экспериментальных исследований:
1) удобен в работе для пользователя, т.к. не требует умения и навыков
программирования;
2) обеспечивает целостность анализа данных. В пакете объединены базовые этапы анализа данных с микрочипов ДНК: загрузка, предварительная обработка, выделение значимых генов, классификация и кластеризация, выделение значимых биофункций;
3) интегрирует усовершенствованные методы анализа, такие как нормировка, восстановление пропущенных значений и имитационного моделирования;
4) позволяет исследовать биочипы Affymetrix, двухцветные биочипы, а также наборы данных, представленные в табличном виде;
5) выполняет эффективный анализ аннотаций списка дифференциально выраженных генов;
6)использует распараллеливание ресурсов и преимущества программной среды Matlab, позволяет анализировать большие объемы экспериментальных и смоделированных данных.

Назначение: программный комплекс GeneExpressionAnalyser может быть использован в научно-исследовательских центрах и научных организациях, занимающихся решением задач биоинформатики, а также обработкой данных микрочипов ДНК (Институт Молекулярной Биологии). Пакет может использоваться центрами эпидемиологии и микробиологии для оперативного проведения анализа заболеваний и штаммов вирусов, а также в учебных целях в биофизических и статистических исследованиях.

Область применения: молекулярная биология, онкология.

Охранный документ: имущественные права на внедрение и использование программного пакета GeneExpressionAnalyser принадлежат Белорусскому государственному университету. Программное обеспечение не требует патентной охраны.

Вид экспоната: программное средство, форма представления - плакат на виниле, мультимедийная презентация.

Внедрение: программный пакет прошел апробацию в научно-практической работе по анализу данных из Института здоровья Люксембурга - проведено исследование воздействия INF-γ на клетку человека.

Основные потенциальные потребители разработки: Институт генетики.

Предлагаемые формы сотрудничества: на основе базового ПО возможна адаптация программы под нужды конкретного заказчика (оборудование, вычислительная система, расширение для конкретных задач, сопровождение и поддержка).Адаптация проекта может быть реализована в виде хозяйственного договора или договора НИОК(Т)Р.

Контакты: 

Белорусский государственный университет
220030 Минск, пр. Независимости, 4
Научный руководитель - Яцков Николай Николаевич, доцент кафедры системного анализа и компьютерного моделирования факультета радиофизики и компьютерных технологий БГУ, кандидат физико-математических наук
тел.: +375 29 913 94 38
e-mail:Yatskou@bsu.by
Магистрант - Саечников Антон Владимирович
тел.: +375 29 913 94 38